さらに進むと、第四船渠（写真：明治39年竣工）と第五船渠（大正7年竣工）が現れます。建物の壁に「DRY DOCK→4 ←5」と表示されているので分かります。但し、たいがいドックゲートの前に何かしら船が泊まっています。
第一船渠から第五船渠にかけての敷地には機械工場、鋳造工場、製缶工場、鍛錬工場など造機部の各工場が立ち並んでいました。現在はSRF(艦船修理部）として使われています。この中の工場のいくつかは、改修を受けていますが、いまだに現役で使われている貴重な建物です。
第三船渠と第四船渠の間に2022年末に新大型桟橋が建設されました。米軍の新型駆逐艦に対応するためです。